研究领域
分子对接 分子模拟 量化计算
导师介绍
【资历/研究方向】
海外QS前100高校博士毕业,整合生物技术专业。目前就职于某高校副教授,研究方向:计算生物医药,AIDD,计算生物学,生物信息学,分子动力学模拟,分子对接,机器学习/深度学习模型开发。
【科研论文/审稿人】
在国际期刊上发表论文17篇(其中一作7篇),包括npj Comput.Mater,jctc,jpa,jcim,csbj,cheminformatics,iscience等等。
【指导特点】
亲自上手讲解核心逻辑,给与参考资料,耐心指导,及时跟进和推进进度,渐进式指导,针对学生已有基础进行个性化发掘
指导经验
在分子对接,分子动力学模拟,生物信息学,湿实验单细胞测序生信数据处理分析,人工智能辅助药物设计,蛋白小分子药物从头设计、优化,抗菌肽设计方面有成熟经验。
招生方向
1.分子对接:小分子与蛋白对接的,蛋白与蛋白对接的,小分子与多肽对接的,MOE,Autodock Vina,Rosetta
2.分子模拟:CG粗粒化模拟(MARTINI力场,细胞膜粗粒化建模)和全原子模拟(GROMACS,AMBER,NAMD,定制化脚本,一键自动化脚本)
3.量化计算:FMO基于片段的量化模拟及日志自动提取脚本
4.QSAR:小分子描述符,多肽描述符,蛋白描述符,ADMET,自研ML stacking
框架autoML,RDKit功能定制脚本
5.深度生成模型框架AMPTrans-LSTM,ippiGAN,interface-based generation model,TransAntivirus model
